Не совсем ясно о каких именно папках речь (в ноуте или на флешке). Также неясна метода "снесения", а именно перемещение или просто копирование.
В связи с этими неясностями есть предположение ─ поспешай, да медленно. То бишь, не соблюден срок окончания операции или флешка выдернута некорректно.
Рецепт. Для восстановления, если времени прошло немного и файлы не затерты, использовать какую либо из программ восстановления. Их много.
Во-первых нужно проверить флешку, работает ли она. Попробуйте вставить её в другой разьём, если она заработает значит проблема в USB-входе. Если он очень нужен, то нужно отдавать ноутбук в ремонт. Хотя лично мне достаточно 2-х USB-входов на ноутбуке при наличии 3-х)
"Флешки-убийцы" действительно появились в продаже и довольно таки быстро были раскуплены. Флешки не продавались несовершеннолетним. Смысл "флешки-убийцы" в том, что она моментально выводит из строя все виды аппаратуры имеющих USB входы. Принцип действия ее основан на быстрой зарядке и разрядки конденсаторов, в результате происходит резкий перепад напряжения и в итоге устройство не выдерживает. Происходит все это, буквально, за одну секунду. Единственное устройство, которое выдержало испытание, это MacBook/
Вновь вставленный кардридер, как любое новое устройство зачастую не обнаруживается ноутбуком(компьютером)
Вам просто нужно зайти в диспетчер устройств и обновить их
Чаще всего (пока еще) надо при включении нажать F2 (может отличаться на разных моделях (далее: а-ля), зайти в параметры загрузки а-ля "boot" и выбрать желаемый пункт загрузки а-ля "removable device" (может показываться название флешки).
На современных ноутах, с поддержкой UEFI (это программная оболочка, обладающая бОльшим функционалом и может заменить BIOS), может потребоваться сначала заменить вариант загрузки с UEFI на legacy (в том-же а-ля boot меню), чтобы варианты загрузки стали доступны через BIOS.
Современные операционные системы (начиная с Windows 8), с загрузкой через UEFI, могут пропускать возможность выхода в BIOS. Чтобы обойти это, необходимо зайти в меню UEFI, что может быть доступно через меню восстановления OS (один из вариантов есть тут).