Данные персонажи жили в разные эпохи, в разные века и при разных правителях. К тому же, мотивация у данных персонажей была крайне противоположной друг-другу.
Если Ермак - это, можно сказать, государственный человек, который служил на благо царя, то Пугачев - явный бунтовщик, который открыто выступал против императрицы.
Отсюда и отношение народа к ним разное.
Емельян Пугачев
До 19 века, до того, как Александр Сергеевич Пушкин написал свою знаменитую "Капитанскую дочку", можно смело утверждать, что Пугачев едва ли имел такую большую популярность, как, например, Ермак, кроме как среди современников, в других литературных произведениях до этого он не упоминался.
Во времена Екатерины 2 народ разделился на два лагеря - те, кто всецело поддерживал Екатерину 2 и ее власть и на тех, кто поддерживал Пугачева и оправдывал его мятеж.
Известно, что Емельян Пугачев за рекордное время собрал огромное количество сторонников, по крайне мере можно совершенно точно сказать о 20 тысячах погибших и 30 тысячах пленных со стороны Пугачева, именно столько человек участвовали в бунтах на стороне Пугачева, столько людей к нему присоединилось за 2 года - с 1773 по 1775 год.
Ермак
Ермак - можно сказать, национальный герой. В конце 16 века по приказу Ивана Васильевича Грозного, Ермак со своим весьма немногочисленным (около 800 человек) войском двинулся покорять холодные степи Сибири - таким приказом образом Иван Грозный хотел проучить нерадивого хана Кучума, который отказывался платить дань Москве.
Именно с Ермака началось освоение Сибири - он смог за небольшой промежуток времени расширить территорию Русского Царства на восток.
Территория Русского Царства до начала похода Ермака
Территория Русского Царства после похода Ермака
Смелость и отвага Ермака, разумеется, сделали его популярным среди даже простого народа - весть о его победах в Сибири, можно сказать, быстро разлетелась по всей стране. Если к Емельяну Пугачеву отношение крайне неоднозначное, то Ермак, разумеется - национальный герой и смелый полководец.
Емельян Пугачев
Ермак