На самом деле, все оказалось просто, а не так как я думал:
Во-первых, у вас должна быть информация по скважинам, а именно их литологический состав и глубина.
Если у вас есть такие данные, то вам следует на карте отметить возле скважин глубину и как-нибудь изобразить литологию, после чего вы увидите, что в принципе, вырисовывается какая-то картина. Ваша задача теперь объединить точки с одинаковым или очень похожим составом по литологии.
Теперь займитесь горизонталями, надеюсь, вы умеете их делать, так как это уже совсем другой вопрос.
Когда закончите с горизонталями - переходите к разрезу по заданной линии, который чертится элементарно - просто отметьте границы на бумажке, которую вы приложите по длине разреза и отметки высоты; после этого выберите масштаб и постройте разрез, разделяя границы на разрезе ломанной линией.
Вот пример карты, только без разреза и без разрисовки.