Этимологию "Омь" возводят к тюркскому (барабинские татары) "ом" ("Тихий").
Этимологию "Томь" возводят к кетскому "тоом" ("тёмный" или "река"). Существует вариант шорского происхождения от "том".
Суффикс "-ск" обычен для славянского способа названия городов.
Меня больше заинтересовало сходство гербов этих городов. Скорее всего данные поселения основывались как военные лагеря, причём, как мне кажется, Томск основывался в 1604-ом году как стан конных разъездов (центр военного патрулирования окружающей территории), а Омск в 1706-ом году - как стационарный форпост.
Основы ( использованные для образования названий городов Омск и Томск) только для славянина звучат схоже. На самом деле, с точки зрения этимологиии, они "и рядом не стояли" (1).
<hr />
1 - Вполне возможно, что "тёмную реку" так схоже называли два рядом живущих народа (расстояние между городами - около 900 километров), каждый на своём языке. Цвет воды в Томи - желтовато-бурый; цвет воды в Оми - коричневато-бурый.
На фото - Омь.