На своем всегда лучше. Во-первых, часто реклама сервиса и не всегда ее можно просто удалить, порой приходится за это платить дополнительные суммы, во вторых, сервис может вводить новые дополнения, модернизации, тем более что интернет постоянно прогрессирует, и тоже зачастую обновления платные, даже если обещают бесплатное, то бесплатное только в виде минимальных элементарщин бывает, хотя если вы не ас и не можете пользоваться услугами программистов или фрилансеров, чтобы обновлять свое, то может лучше и сервис, в третьих, сервис есть сервис и как любая фирма, организация может обонкротиться или просто развалиться и что тогда, кто даст вам какие гарантии, а свое всегда будет своим и зависить только от вас, в четвертых, захотите поменять дизайн или добавить какие-то свои штучки, не всегда на сервисах можно сделать так как хочется своей душе, сервис в чем-то да ограничивает, ни плагин дополнительный ни втюхнуть, ни колонку дополнительную, а на своем делай что хошь, как на своем холсте бумаги, в пятых, не каждый сервис может разрешать вставку рекламы, банеров для дополнительного заработка, а если дает такую позможность, то может ограничивать количество или места вывода, а на своем движке вставляй не хочу, хоть вообще все страницы заполони одной рекламой, в шестых, сервисы имеют ряд своих правил, которые вы должны выполнять, а за нарушение поощрений от них не будет. Так что сами выбирайте будет ваш интернет-магазин жить и развиваться по чужим правилам или все же по вашим!