Эта рекомендация действительно имеет место быть. И не зря. Ведь в случае крушения операционной системы (в дальнейшем ОС) её надо будет переустанавливать. При этом желательно отформатировать диск. В такой ситуации ваши данные, хранящиеся на С: будут просто уничтожены.
Если же данные хранятся не на диске с ОС, то они форматированием затронуты не будут.
Следует учитывать, что хранение данных в папках "Мои документы", "Моя музыка", "Моё видео" также неблагодарное занятие.
Даже если отбросить вероятность краха ОС вследствие вирусной атаки, несовместимости драйверов и пр., то всё равно с течением времени ОС имеет обыкновение обрастать разными дополнительными файлами, остатками от установленных и удалённых программ, вообще, разного рода мусором; объём места, занимаемого ОС, резко увеличивается, она становится неповоротливой и начинает "тормозить". Поэтому для профилактики и нейтрализации этих негативных моментов следует периодически переустанавливать систему. А, следовательно, ваши данные на это время надо будет где-то хранить.
Поэтому лучший вариант, изначально разбить жёсткий диск на три части С, D, E. На С устанавливать ОС, на D драйвера к железу и дистрибутивы используемых программ, на Е хранить данные.
Примерная пропорция в случае, если диск достаточно большого объёма 30:20:50.