Ну даже если и обидится, то она об этом Вам не скажет все равно. Вообще-то животные не так привязаны к вещам как люди. Если коробку уберете (выбросите), кошка скорее всего облюбует себе другое место. Кошкам свойственно находить себе уютные уголки в квартире - полку шкафа, тумбочку с открытой нишей, стул, задвинутый под стол и многое другое.
У меня кот довольно консервативен в этом вопросе. Купила ему такой хорошенький домик в виде вигвама из поролона, обшитый тканью из хлопка, вроде бы сначала ему домик понравился, он в нем спать начал, а потом как отрезало, по какой причине не понимаю. Пытаюсь его вдомик засунуть, а он оттуда пулей вылетает. Так домик и стоит пустой.
Вам могу посоветовать следующее:
1) если кошку жалко, коробку не выбрасывайте, а уберите ее из прихожей в другую комнату или спальню, ее не видно будет и кошка останется довольна;
2) другой вариант - коробку выбросьте совсем, но для кошки поищите какую-нибудь замену, где бы ей понравилось спать и поставьте, но захочет ли она там спать неизвестно.