В фильме Мюллер дважды впрямую говорит, что симпатизирует Штирлицу. Впервом эпизоде -- когда поручает Айсману провести ревизию дел Штирлица по поручению Кальтенбруннера и говорит, что Штирлиц -- единственный человек в разведке Шелленберга, к которому он относится с симпатией: спокойный, не лизоблюд, без выпячиваемого рвения и без истерик. Не болтун на партийных сборищах, не трётся возле начальства.
Здесь речь ещё не идёт о противопоставлении Штирлица, как врага рейха: системы аппаратов СД и гестапо всегда были конкурентами и враждовали (наподобие советских КГБ и МВД). Слова Мюллера -- объективная характеристика професионала -- профессионалом, тем более поддержанная и гестаповцем Айсманом, то есть репутация Штирлица в РСХА была безупречной.
Второй эпизод -- в пыточной камере гестапо. В диалоге со Штирлицем Мюллер говорит: всегда жалел, что Штирлиц не работает в его, Мюллера, аппарате, и давно мог бы стать его заместителем. И позже,там же:
Вообще здесь, в камере, даже имея улики, практически полностью компрометирующие Штирлица, уже подозревая его, Мюллер наиболее правдив в своём отношении к противнику: уважает и ценит, у него действительно есть чему поучиться.