Всего товарищ Вернадский В. И. нарыл в биосфере семь типов веществ. Вполне однозначно можно сказать, что большинство перечисленных в вопросе объектов относятся к третьему типу:
И янтарь (застывшая до окаменения смола деревьев), и продукты листопада или рогопада, и ловчие сети пауков образовались в результате чьей-то жизненной деятельности, а не из космоса упали и не из вулкана изверглись.
О торфе и пыльце отдельное обсуждение.
<hr />
Пыльца, примитивно так, половые клетки цветковых растений. Вполне может быть занесена в первый разряд
Ведь если этот мужской гаметофит доберётся до женского, то воссоздастся новый живой организм. Но если иметь ввиду пыльцу, уже побывавшую в органах пищеварения пчелы, то тогда её тоже можно отнести к разряду биогенных веществ.
<hr />
Торф можно вроде бы было отнести в разряд
Поскольку он от ила или почвы ничем особенным не отличается. С одной стороны - останки растений и животных, но спресованные водой и/или вышележащими слоями почвы под влиянием банального тяготения, которое вроде как проявляет себя во всех геологических процессах.
Но с другой стороны каменный уголь Вернадский всё-таки к третьей группе относит, а каменные угли образовались именно из торфяников под влиянием особого вида бактерий.
<hr />
По всей видимости особо чёткую границу между каждой из групп провести однозначно не получится.