Мне кажется, что в чистом виде в медицине не может употребляться этот термин.
То есть для постановки диагноза. Но может играть роль и учитываться этногенез при лечении конкретного больного с конкретно выраженными национальными предпочтениями в диете, переносимостью алкоголя, спиртовых лекарств и вообще реакция на климат, состав воды и прочие составляющие, характеризующие среду в которой человек рос и развивался.
Этногенез скорее исторический и антропологический термин, но и в той и в другой науке он участвует как важная составляющая, но не определяющая характеристика.
На мой взгляд, это связано с развитием цивилизации, смешением рас и народов в результате захватнических войн, просто переселением и смешением людей в процессе их развития.
С открытием ДНК, наверное, роль этногенеза во всех областях науки пересматривается в сторону большей значимости, также и в медицине.