Из "обычных" озёр - Байкал (максимальная глубина превышает 1600 метров).
Но есть и "необычные" озёра. В Антарктиде в районе станции Восток найдено крупнейшее на материке подлёдное озеро, которое находится на глубине почти в 4 км. Так что если отсчитывать не от поверхности воды, а просто "от поверхности", то оно и окажется самым глубоким.
Но там есть и ещё одно озеро, пока без названия (координаты 77° ю. ш. и 90° вост. д.). До него, в отличие от озера Восток, ещё не добрались "напрямую", через скважину, поэтому глубина озера определена неточно, по косвенным данным (сейсморазведка, радиолокация). И эти данные дают диапазон возможных значений глубины от 900 до 300 метров от поверхности воды. Так что не исключено, что рекорд перейдёт от Байкала этому безымянному озеру...