Осмотр голого тела является процедурой общего исследования здоровья человека. Больных в армию не берут (и никогда не брали, за редчайшим исключением тех случаев, когда нужно было выполнять разнарядку).
Осмотр голого тела лучше выявляют аномалии развития, а их может быть разных немало.... Например, впалая грудь, непропорциональное развитие тела, одна нога (рука) короче другой. Может быть, сколиоз, другие проблемы с позвоночником.
Кстати, у мужчин могут быть вторичные женские половые признаки. Это тоже считается аномалией. Иногда могут быть рудименты и атавизмы!! Например, в виде небольшого хвостика... Все это нежелательно в армии. Есть точные инструкции, кого брать, а кого не брать. Я их досконально не знаю, но они в интернете есть в свободном доступе (я их однажды читал). Там есть требования по всем врачам: хирурги, терапевты, дерматологи и т.п. Кстати, с серьезными заболеваниями кожи тоже не берут... Все это определяется при "голом" осмотре.
Ничего страшного в осмотре нет. Голый призывник пусть потихоньку привыкает к тому, что в армии он будет никто, игрушка в руках взрослых, пушечное мясо. Вот отслужит, пусть тогда индивидуальность проявляет.