Простейшее объяснение: потому, что мутации, благодаря которым наши предки-ранние гоминиды, жили в основном в Африке. Или точнее, выжили, поскольку порядка 30 млн. лет назад наступапет глобальное похолодание. СОбственно, выжившие в Африке гоминиды примерно 4 млн. лет назад далои начало австралопитекам. В Африке и происходит дальнейшая эволюция гоминид.
Наши непосредственные предки выходят из Африки несколькими волнами. Условно говоря, хомо эректусы, наши условные предки, выходят из Африки немногим больше 1 миллиона лет назад.
Затем, ближе к 800 тыс. лет назад, из Африки же выходят предки неандертальцев... а вот собственно неандертальцы появляются уже в Европе.
И строго говоря, человечество зародилось и в Европе тоже.
Конечно, они наши предки весьма условно - но и они тоже, у нас есть некоторое количсество неапндертальских генов. И похоже, именно они определяют, например, светлый цвет кожи европейцев.
Но - это результат скорещиваний. Прямые предки хомо сапиенс вышли из Африки следующей волной, появившись независимо от неандертальцев - олколло 500 тыс. лет назад.
Как-то так.