По умолчанию речь идет о Российской Федерации. Начать нужно с того, что законодательно термин "факсимиле", как печать (штамп), заменяющий собственноручную подпись, нигде не определен. Если не обращать внимания на эту "мелочь", то положение складывается такое.
Гражданский кодекс РФ (ст.160, п.2) - упоминается факсимильное, электронное и другие виды технического воспроизведения собственноручной подписи при совершении сделок. Если оно имеет место с согласия обеих сторон, то такое "факсимиле" будет иметь юридическую силу. Там же оговорены случаи, когда в договоре определен порядок дальнейшего использования факсимиле при составлении документов, касающихся участников.
Но тут есть нюансы. Например, выдача доверенности. Подпись в этом случае должна быть собственноручной. (ГК РФ, п.п.1,5 ст.185)
"Закон о бухгалтерском учете" (п.2, ст.9). Первичные документы (счет-фактура, путевой лист и пр.) принимаются к учету лишь при наличии подлинной подписи ответственных лиц.
Налоговый кодекс (ст.169) напрямую не предусматривает использование факсимиле в счет-фактуре, но и не запрещает ее. В этом случае арбитражные суды берут во внимание договоренность сторон. И желательно, чтобы эта договоренность стояла отдельным пунктом в договоре.
Трудовой кодекс РФ, ст.67. Факсимиле запрещено использовать при составлении трудового договора. Кроме того, распорядительные документы руководителя (приказы о приеме на работу, увольнении и пр.) должны подписываться собственноручно.
Положение о переводном и просто векселе (п.75) оговаривает, что подпись на векселе должна быть собственноручной, в противном случае она не будет являться реквизитом, а вексель не будет иметь юридической силы.
Приказ Департамента г. Москвы от 13.07.2007 № 70-01-167/7 «Об утверждении типовой документации по размещению государственного заказа города Москвы» и другие подобные документы, как правило, запрещают использование факсимиле при подаче заявок на участие в конкурсах, тендерах, аукционах и пр.
Инструкция Банка России от 14.09.2006 № 28-И «Об открытии и закрытии банковских счетов, счетов по вкладам (депозитам)». Тут разрешено использовать факсимиле, кроме одного случая - оформления банковской карточки.
Кроме того, законодательно предусмотрено использование электронно-цифровой подписи, но поскольку она не является собственно факсимиле, и не оговорена в вопросе, я не буду ее касаться.