Необходимо подать жалобу на сотрудника, который занимался подготовкой дела. Жалоба подаётся на имя начальника отдела, где Вы сдавали документы.
В жалобе необходимо указать весь список документов, которые Вы сдавали, а также указать ошибку того сотрудника, исходя из отказа.
Обычно, при сдаче документов, все обращающиеся граждане расписываются в специальном журнале о приёме документов от этих граждан. Если есть такой журнал, то таким образом Вы сможете доказать, что все документы Вы сдали.
Если такого журнала нет, а Ваша жалоба ушла в никуда, то можно, по идее, просто ещё раз сдать копию в паспорте.
Я сама лично работала в социальной защите на приёме документов, и не раз люди сами забывали тот или иной документ, в итоге дело заводилось, а они на следующий день приносили недостающий документ (с тем, что копии теряются сама лично не сталкивалась, но была одна такая сотрудница, которая часто теряла что-либо).
Если же Вас заставляют заново собирать документы, то тут два действия должны быть с Вашей стороны.
Первое, это новая жалоба, с отметкой, что, в случае бездействия начальства данного МФЦ, Вы будете вынуждены обратиться в вышестоящие органы, а именно, в главный отдел МФЦ и прокуратуру. Всё таки потерять копию паспорта, это, по идее, очень серьёзное нарушение, так как это самый важный документ.
Второе, это, к сожалению, заново собирать все документы, так как, то, что копия Вашего паспорта найдётся, это очень маловероятно. Сотрудник, принимавший документы наверняка будет настаивать на том, что это Вы не всё подали. А так, пока идут рассмотрения Ваших жалоб, Вы уже будете готовы заново всё подать.
Если, копия Вашего паспорта найдётся, то Вам должны её показать, для проверки.