Это - очень большая тема, которой посвящено много специальных исследований. Думаю, в рамках БВ сколько нибудь подробно просто не представляется возможным осветить эту тему.
Попробую схематично набросать основные причины преследования евреев (антисемитизма).
Иудаизм выделяет избранный богом народ. Все остальные - гои (это еврейское слово, означает "нееврей"). Время от времени это не нравилось так называемым гоям и начинались еврейские погромы.
Ростовщичество во все эпохи манило к себе евреев. Это приносило еврейским общинам финансовое могущество, которое перерастало и в политическое могущество. Время от времени другие народы сопротивлялись этим процессам.
Торговля в большой степени находилась в руках евреев. В частности венецианская торговля. Евреи, рассеянные по всему миру, в этом плане оказались в очень выгодных условиях. Везде были свои люди.
Работорговля также находилась в руках еврейских купцов. После того, как их стали ограничивать в Европе, они переметнулись на Америку.
Несут разврат, пьянство. Евреи во все века старались прибирать к своим рукам питейные и публичные заведения.
<hr />
Из других причин можно выделить:
- банальную зависть к еврееям (они умные, богатые),
- на них лежит вина распятия Христа
- желание мирового господства
- наветы на евреев, в частности Кровавый навет (обвинение в убийстве христианских младенцев для использования их крови в ритуальных целях).
<hr />
Более подробно, например, тут.
Похожий вопрос обсуждался на БВ тут, тут