Топонимика является прежде всего разделом ономастики, а уже сама ономастика - разделом лексикологии, то есть науке о языке. Филология - это не наука, а общее название для различных наук, изучающих язык в разных его аспектах.
Ономастика же занимается именами собственными и уже при более узкой специализации различаются топонимика, астронимика, этнонимика и т. д. В собственно топонимике выделяют также ойконимы (названия населённых пунктов), гидронимы (названия рек) - и так по всем видам гегорафических объектов.
География и история являются смежными с топонимикой дисциплинами, так как с одной сторон обеспечивают её материалом, а с другой стороны - используют результаты топонимических исследований для своих нужд.
Одна из особенности гидронимики - возможность заглянуть вглубь веков, в те времена, от которых часто не осталось никаких письменных источников. Так уж сложилось, что гидронимы в массе своей относятся к наиболее древним и долгоживущим топонимам. Как бы ни переселялись народы, куда бы они ни исчезали, названия рек сохраняются неизменными дольше всего.
Например, на территории Украины от скифов остались лишь безмолвные курганы да названия четырёх крупных рек - Днепр, Днестр, Дунай, Дон. В них ещё явно заметен корень -д*н-, обозначавший, как полагают, воду.