Действительно, драконов три, и людей-драконов тоже должно быть три, Дейенерис происходит от крови дракона, если предположение о том, что отец Джона действительно Рейегар - верно, то он тоже от крови Дракона, правда вот огонь ему, в отличии от Дейенерис, вредит. Третий дракон - неизвестный.
Если рассматривать книгу, то можно предположить, что это Эйгон Таргариен (юный Гриф), который долгое время оставался в тени, и теперь отправляется в Вестерос чтобы занять трон. Но тут тоже не все так просто, вполне возможно, что мальчик - самозванец, сам об этом не знающий, а его появление - происки Вариса и Иллирио, не даром Куэйта сказала Дейенерис о кукольном драконе. К тому же, персонажа Эйгона нет в сериале, а значит, он не очень-то и важный.
Довольно распространенной теорией является то, что третий дракон - это Тирион Ланнистер, который вполне может оказаться Таргариеным, ведь нередко Тайвин говорил о том, что Тирион не его сын:
Почитать подробнее о теории происхождения Тириона можно Тут.
Других предположений пока нет.