Пользователя (владельца сайта) это по большому счёту не касается. Все заморочки достаются админам.
Допустим, под линуксом крайне мало вирусов, к тому же можно перекомпилировать ядро, и даже некоторые известные вирусы не запустятся. И самих разнообразных линуксов море.
Число вредоносных программ, включая вирусы, трояны и прочие вредоносные программы, написанных под Linux, выросло в последние годы, и более чем удвоилось в течение 2005 от 422 до 863, однако открытая модель разработки приводит к тому, что большинство данных программ в настоящее время неработоспособно — уязвимости, которыми они пользовались, как правило, закрываются в течение нескольких дней после обнаружения.
(из Википедии). В сравнении с миллионами разновидностей вредоносного ПО для винды. То есть тут налицо повышенная софтверная надёжность. Сервер не упадёт и не будет уронен какой-нибудь неведомой ерундой даже без антивируса, жрущего память почём зря.
Ещё под линуксом, как правило, есть стандартный инструментарий для SSH. Скорее всего, у владельца сайта будет возможность им пользоваться. Под виндой вообще не факт, что его поставят.
Голый html, а таже php в связке с sql я запускал и под линуксом, и под виндой. FTP тоже. Тут принципиальной разницы нет. Другое дело, какие возможности предоставляет конкретный хостинг.
