Вопрос интересный. Дело тут, думаю, вот в чем. Сахалин - он не японский, хоть и ближе расположен к Японии. Япония не была раньше сильным государством, способным к имперским захватам. Россия гораздо раньше Японии преуспела в деле присоединения "ничейных" территорий. Еще Иваном Грозным захвачена татарская Казань, а потом (при других царях) - Урал, Сибирь, Дальний Восток.
Думаю, что Япония в это время представляла собой довольно чахлое государство, не способное к великим завоевательным походам.
Кроме того, не забываем, что на Сахалине издревле жили другие люди - не японцы и не русские. Естественно, они могли сдерживать любую внешнюю слабую агрессию. Но вот перед Россией не устояли.
Уже когда возник спор в 19-м веке за Сахалин, то Япония представляла собой мощное государство, которое желало поспорить за новые земли. Вот с тех времен и идет конфликт между Японией и Россией.
Ясно, что японцам жалко, что у них из под носа увели богатейшие земли, полные нефти и газа (кто слышал в 13 веке про автомобиль с двигателем внутреннего сгорания?). В начале 20 века автомобиль стал не роскошью, а средством передвижения, и тогда возникла потребность в нефти. Вот тогда у Японии и появилась мысль о присоединении "своих" территорий".
Кроме того, уверен, что в японской истории найдется немало "достоверных" фактов о том, что Сахалин давно имел желание присоединиться к Японии.
Спор этот бесконечный, так как то, что было, быльем поросло. Кто успел, тот два съел!