Если отец слишком мало времени проводит с детьми дома - совершенно логично, что они не воспринимают его как авторитет в семье. Это очень грустно - но современные отцы, согласно разным статистикам, да и из личных наблюдений, проводят с детьми в лучшем случае 10-15 минут "полезного" времени - то есть "активно" занимаясь, общаясь с ними - и это приводит к такого рода разобщённости между родителями и детьми. У меня тоже была такая работа - с утра, пока дети спали, уходил, и возвращался только после 21.00, или позже. Началось такое же как и у Вас...вовремя спохватились! Жена стала оставаться дома, ребёнка перестали водить в садик, чтобы ему можно было позже ложиться спать и позже вставать, и было время для общения хотя бы часик с детьми и женой до сна.
Жене пришлось трудно, конечно - но результат весьма положительный. Это время нужно было как-то пережить, и оно прошло. Всё время искали возможность что-то изменить, найти новую работу, которая позволяла бы нам обоим уделять достаточно времени детям. Всё получилось - год, два трудностей, а потом хороший результат.
Если ребёнок редко видит родителей, они у него из любимых папы и мамы со временем превращаются в дружка и подружку, которые ещё и требуют чего-то, послушания итд. Делайте всё, чтобы общаться регулярно с детьми - это в любом случае "окупится" и даст Вам всем повод для радости.
А насчёт воспитания в детском саду скажу из личного опыта - мои дети именно из детского садика приносили матершинные слова, ругательства, именно в детском садике их другие дети научили толкаться, драться итд. Я очень страдаю, что не могу влиять на то, с кем ребёнок общается в садике. Каждый день приходится "выкорчёвывать" очередные "сорняки" :( Но такая уж жизнь - что поделаешь? Хоть радость теперь - смогли все устроить свои дела так, чтобы проводить хотя бы пару часов в день всей семьёй. Чего и Вам желаю от всей души.