В принципе ничего фатального не произойдёт, если конечно сам пластик, из которого сделан стакан, допускается к помещению в микроволновую печь.
Конечно помещение металла в микроволновку это не есть хорошая мысль, но учитывая то, что это маленькие кусочки фольги, единственно, что может случиться это появление эффекта искрения на этих кусочках и возможно выгорание пластика под ними.
Как вариант могу предложить следующее. Сначала испробовать такой стаканчик без йогурта и посмотрев на результат, в дальнейшем уже знать,- стоит ли это делать уже с йогуртом или нет. Ну или взять ножницы и аккуратно срезать те участки пластика, к которым приклеилась фольга.
Ну и третий вариант,- вообще не заморачиваться с этими стаканчиками, а переложить йогурт в нормальную стеклянную или фарфоровую посуду,- чашку, кружку, стакан.