Чтобы ответить на этот вопрос, можно пойти таким логическим путем.
Известно из Библии, что Бог сделал человека по своему образу и подобию. Что это значит? Это значит, что человека можно считать точной копией Бога. Все, что есть у человека, есть у Бога. Если бы у него было бы что-то не так, то Библия бы это трактовала по-другому. Например: "Бог сделал человека, но с небольшими изменениями".
Поэтому давайте считать, что и у Адама, и у Евы пупки все-таки были. Были они, значит, и у Бога. А вот зачем они - это действительно непонятно. Тайна покрытая мраком. Но видимо так надо.
Если же пупковые люди стали рождаться от безпупковых Адама и Евы, значит, в Библии это бы нашло свое отображение, но оно не нашло.
Вывод: или Бога нет или Библия что-то перепутала.
Я лично думаю, что просто современные люди плохо знают закон Божий. Наверное, все-таки где-то что-то было написано, иначе Дюрер бы так не нарисовал. Он не мог ошибиться. В те времена закон Божий (считай все книги, которые должен был знать христианин) преподавались очень тщательно...