Нужно поставить перемычки на диске таким образом: диск с загрузочной ОС в Primary, а второй диск в Slave. Также в биосе поставить приоритет загрузок дисков 1 HDD с windows. Также лучше отформатировать второй HDD.
Также причиной может быть поломка второго HDD.
Можно попробовать подключать в разные порты.
По моему, после пробуждения комп начинает тупить в отношении диска, который вынимался пока комп "спал", подключался к другому компу и потом подключался обратно.
Для системы диск как бы стоит на месте и она должна прочитать его таким же как и в момент засыпания. Винда "просыпается" и "видит", что диск вроде бы тот же самый, но таблица NTFS на самом деле уже не соответствует той, которая была в момент засыпания. Система тупит и диск не опознаётся.
У меня тоже так было. Дело в том, что при подключении диска к другому компу всего лишь для чтения, система на другом компе создаёт на диске скрытую папку RECYCLE.BIN в результате последняя запись в таблице NTFS меняется, и комп, который "спал" с этим диском перестаёт его воспринимать.
Точно не помню, как я решил тогда проблему. По идее следует работать с диском на том компьютере, который его и видел последним в нормальном рабочем состоянии, а не тупо "спал". Для спящего компа этот диск надо "забыть", вычеркнуть, нет его и все дела, он его не захочет опознавать пока не сделает рестарт.
Благодарить нужно Американцев и немалоизвестную фирму IBM, именно они первые выпустили жесткий диск. Первая модель имела в обозначении цифры 3340, в корпусе жесткого диска были дисковые пластины и считающие головки, благодаря которым и работал весь механизм.
В обиходе между собой разработчики называли это устройство 30-30, что означало, что в устройстве 30 дорожек и секторов.
Но как ни странно маркировка патронов для винчестера такая же, 30-30, поэтому разработчики жесткого диска сами того не осознавя дали новое название своей разработке, винчестер.
Нужен соответствующий софт для форматирования или же для работы с разделами диска. Из-под Windows полностью удалить нежелательные файлы никак не удастся (разве что при переустановке заново разделить жесткий на разделы ).
Но как вариант можете попробовать данные программы: BCWipe 5.01 или CyberScrub Privacy Suite.
Успехов!
Я пользуюсь другим способом сохранения данных предложенным Acronis. Вместо зеркал для Windows использую полную копию диска. Это требует больше дискового пространства, но преимущества в том, что в копии сохраняется вся информация, копию можно размещать на любом другом диске, в том числе и на подключаемом накопителе, а главное в том, что создание полной копии и восстановление всего диска занимает несколько минут. То есть если у Вас возникли проблемы с программным обеспечением или полетел жесткий диск, то восстановить операционную систему, вместе со всеми программами и настройками, можно за несколько минут с другого диска и даже с DVD диска. Часто бывает быстрее и надежнее восстановить весь диск с Windows, нежели разбираться с вирусами или некорректно работающими программами.
Программа Acronis True Image Home, если интересно. Сам с этой программой работаю несколько лет и ничего умнее и надежнее для себя не нашел.