Слитное или раздельное написание этого слова зависит от контекста, в котором употреблено это слово.
Если наречие заканчивается НЕ на -о(-е), то наречие по общему правилу пишется раздельно (например, не сразу, не всегда) (исключения: если наречие без не не употребляется (например, невзначай, невмочь), нужно запомнить написание таких слов, как: недаром, недосуг, неспроста, неохота, некстати).
Также наречия, у которых нет сравнительной степени, тоже пишутся раздельно (например, не назло, не влево).
Что касается Вашего случая, а именно: наречие "непонятно", заканчивающееся на -о, то здесь существует ряд правил, которыми нужно руководствоваться:
Данное наречие будет писаться с не раздельно, если:
- есть противопоставление с союзом а (но не но)
Пример: не понятно, а "понял!"
- употребляются следующие слова:
а) вовсе, далеко, отнюдь, ничуть, никому и т. д.
Пример: вовсе не непонятно
Исключение: никак невозможно
б) ли (чуть ли не, едва ли не или в риторическом вопросе)
а) при отрицании какого-либо качества без утверждения противоположного
Пример: это не понятно (но понятно ли?)
б) при подчерк нутром отрицании (часто - в восклицательных, вопросительных предложениях)
Пример: Нет, это не правда! Разве это не понятно?
Данное наречие будет писаться с не слитно, если:
- слово без не не употребляется
Пример: нелепый, неистово, неизбежно
- после слов, об означающих степень качества (очень, весьма, крайне, почти)
Пример: Это весьма непонятно!