Астрономия - наука древняя, раньше легче было наблюдать за небом в том плане, что оно не было засвечено и затянуто смогом, как сегодня, климат другой был.
Древняя Русь взяла все названия видимых планет от греков, которые и про саму астрологию "рассказали" нам в то время. Потом, правда, греческие названия сменились латинскими, потому что влиять стала Польша. И остались такими и до сегодняшнего дня, поэтому у нас Венера, а не Афродита.
Учитывая гонения от церкви на астрономию не только на Руси, то и у нас тогда эту науку не сильно жаловали по тем же причинам, а поэтому те, кто ею занимался, считались богоотступниками, колдунами.
Отсюда и название "смрадная наука", нечистая, нечистивая, от злых сил.