После выключения двигателя космический корабль (а также и маятник) находятся в состоянии невесомости.
Маятник совершать колебания не будет
Внутренняя энергия брусков увеличилась, но у бруска с бóльшей массой она увеличилась больше, так как в бруске с бóльшей массой бóльшее количество атомов, а внутренняя энергия — это сумма энергий всех атомов.