Никакие не могут.
Микроорганизмы отнюдь не "стремятся уничтожить всех своих жертв". Это для них биологически и эволюционно нецелесообразно.
Предполагаемая сверхсмертоносная инфекция должна быть одновременно:
крайне заразной;
с очень коротким инкубационным периодом;
с особо высоким коэффициентом смертности, как минимум 90%.
Реальные бактерии, вирусы и микроскопические грибки могут обладать только 2 из этих 3 свойств, но не всеми сразу.
Кроме того, есть у них и много других ограничений. Так, вредоносный агент, слишком активно и бурно разрушающий всё на своём пути, встретит жёсткий иммунный ответ. Инфекция, "заточенная" на обход иммунной системы максимально эффективно, будет беззащитна к мутациям, изменяющим необратимо её грозные свойства.
Даже если появляется совсем новая инфекция, к которой организмы ещё не приспособились, и при этом ни о какой эффективной терапии речи нет, могут погибнуть десятки процентов населения или даже, в особо эпических случаях, всё население единичных мест, и такие случаи бывали, но всё равно распространение инфекции упрётся рано или поздно в предел: все восприимчивые вымрут или переболеют...