Как бы там ни было, название Екатеринбург звучит просто красивее, Екатерина - красивое русское имя.
Что же касается исторических личностей, то особой разницы я не вижу, что во времена Свердлова простым людям жилось, мягко говоря, плохо (самое главное, опасностей для жизни и свободы было многовато), что во времена Екатерины (крепостное право у меня никак не ассоциируется с нормальным государством и с нормальным правителем, царем, в данном случае, царицей), народ погибал и там и там, просто немного от разных причин.
Но все же императрица Екатерина, видимо, считается, больше сделала для России (хотя Россия, как и любое государство, это вроде как в первую очередь, народ, и благополучие и процветание государства определяет в первую очередь духовно и материально благополучная жизнь каждого гражданина этого государства). А переименование города, думаю, что окончательное, о котором спрашивается в данном вопросе, произошло в 1991 году.