Отличие в составе. Магазинное мыло, изготавливаемое промышленными партиями, обязательно содержит ПАВы, прежде всего лаурилсульфат натрия, являющиеся аллергенами и сушащими кожу. Поэтому хорошо пенится.
Мыло изготовленное вручную содержит натуральные компоненты, это жирные (основные) масла и эфирные масла. Поэтому пенится хуже.
Фабричное мыло отличается точным составом, а домашнее мыловарение процесс творческий, уникальный. Даже вкус борща домашней хозяйке в точности повторить не удаётся, а уж рецептуру собственного мыла тем более.
Покупное мыло хранится долго (ну химии же полно в нём), срок хранения домашнего мыла недолгий (натуральные компоненты ведь), да и краски в сложных мыльцах начинают мигрировать, портя товарный вид. Добросовестность мыловара и личная его ответственность - единственная гарантия качества.
В магазинах для мыловаров на всю продукцию можно спокойно получить официальные сертификаты.
По pH отличий нет, pH может здорово отличаться у обоих.
Вот пример различий pH (от 5 до 9,6) жидкого мыла фабричного производства от Росконтроля:
Из предыдущих ответов:
Аллергию однако легко получить и от магазинного мыла.
Выказывания людей, занимающихся созданием своего мыла, можно почитать тут, на БВ:
Зачем создавать мыло ручной работы?
А тут БВшница lora-noch7 отметилась своими мылами особенного свойства.
Не иронизируйте, её рукотворчество работает.