Ну в Третьяковской галерее "Черный квадрат" точно есть. Точнее, в "Новой Третьяковке", галерее современного искусства на Крымском валу. Больше того, здесь находится самый первый вариант этой работы, 1915... а скорее, 1913 года.
Здесь же находится еще одна авторская версия, уже поздняя, 1929 года.
Еще одна поздняя версия - того же периода - хранится в Эрмитаже.
Наконец, в Русском музее есть "Черный квадрат" 1923 года.
Таким образом, остается ответ 4: в ГМИИ им. Пушкина авторских повторов
"Черного квадрата" нет.
И скорее всего, нет и не-авторских реплик данной работы.
Что, кстати, неудивительно, поскольку ГМИИ, насколько понимаю, посвящен прежде всего зарубежному искусству.
Как-то так.