Если без излишней конспирологии на которую, я смотрю, некоторые из авторов так же падки "аки пчёлы на мёд", отвечу как думаю и в разрезе того, что знаю.
Путин и Чубайс питерцы, работали вместе в администрации мэра Санкт-Петербурга Собчака и губернатора Ленинградской области, только Чубайс раньше Путина был замечен кем-то из высших чиновников администраци Президента РФ Ельцина и его пригласили туда, он и вошел тогда в команду так называемых "младореформаторов", и после, уже в ходе работы там, предложил Ельцину кандидатуру, на один из освободившихся постов в администрации президента, своего бывшего коллегу (друзьями они никогда не были) Путина, вот так он и попал в администрацию Ельцина, а потом выше.
Видимо это обстоятельство и не позволяет Путину выкинуть Чубайса на свалку истории окончательно, по принципу "Путин своих не сдает", причём не только Чубайса и кого-то ещё в более широком смысле, он не сдает вообще всех своих, русских, и примеров этому множество, и это, надо признаться, не самое "худшее" человеческое качество, если не лучшее.