1) Снимите галочку
"Разрешить индексацию файлов...", и примените. Вам придётся долго ждать несколько часов. Если диск старый.
2) Возможно на этом диске включена защита. Создание точек восстановления. Выключите её. Там могут быть гигабайты файлов.
3) Сколько у вас оперативной памяти, столько же может создаваться файл сна, если вы часто работаете на этом диске. Тоже самое относится к виртуальной памяти. Если у вас, к примеру 8 ГБ памяти, то "мусора" может быть 16.
4) Если на диске "С" включена опция "Восстановления системы", то на диске "D" куча мусора от этих бэкапов.
5) Если какая-то программа использует свою временную папку, и она расположена на диске "D", там в ней гигабайты мусора.
6) "Оглавление" диска, где записано расположение файлов, нередко занимает одну треть диска. Доступ туда пользователю запрещён, и оно невидимое.
Все описанные выше папки скрытые, во многие доступ запрещён или только на уровне "Системы". В лучшем случае на уровне "Администратора". Не путайте "На уровне и с правами".
7) Система записи на диске в разбивке NTFS, организована методом разбивки и форматирования Виндовс. Один логический сектор, даже имея 1 байт, занимает место 4096 байт. Огромное количество мелких файлов, занимают место в 5 - 10 раз больше своего объёма.
Если вы давно не делали очистку диска - сделайте её. Только не доверяйте всяким программам. Сделайте её с помощью рук и в основном головы. А затем обязательно запустите дефрагментацию.
Не будьте рабом винды, станьте её Хозяином. Сделайте полный показ всех файлов и папок и чистите, чистите. Если уроните винду - я с себя всю вину снимаю.