Хотел бы уточнить, что наезды происходят на все религии без исключения, но...
В России главная религия именно православие, так сказать религия идущая в мир от имени России и представляющая Россию. Православие так или иначе задает достаточно значительный фон и имеет не маловажное свое место в России. Представители многих других конфессий о России могут судить иногда только по представителям церкви. То есть даже получается для них православная церковь и ее представители - это лицо России. Ну а раз это лицо такой великой державы, то оно по крайней мере не должно быть в синяках и/или чрезмерно щеголять.
Во многих других странах где имеется своя религия которая выполняет эту роль, дело обстоит так же. В других странах и наезжают на ту религию которая для них является своей, то есть они решают внутригосударственные вопросы. В других странах наезжая на свою религию, обычно не трогают другие религиозные конфессии. Например, если бы были наезды на представителей православной церкви скажем в Китае, любой исламской стране, Испании это вызвало бы не только дополнительное недовольство православных внутри страны, но может вызвать и международный скандал. Тем более, что православие в Китае, любой исламской стране, Испании не несет так же и диктующие роли.
Так, что это не является каким то особым заказом для гнобления православия, а скорее приведение к общепринятому состоянию который описал в своем ответе Энцелад.
А вот по поводу различных сект - там уже не просто наезды, а конкретные запреты не только в России, но и во всем мире. Так, что автор вопроса ... сравнивать православие и/или какую то другую религию с сектами ну уж совсем некорректно. И кстати, правильно делают, что ставят секты вне закона.
Считаю, что политика относительно религии в России вполне вписывается в международные стандарты.