Говорят, что писать надо везде также, как и на паспорте.
Например слова мёл и мел имеют разное значение. Также и фамилии могут существовать почти одинаковые, но различные только в букве Е-Ё.
Если будете писать неправильно, то говорят, что бывает, что в некоторых структурах могут не принять такой документ. Хотя это слухи, сам с этим не сталкивался так как у меня название улицы с такой буквой. В паспорте написано через Е (неправильно написано, не мною), а в документах я раньше писал через Ё, до того как со слухов узнал, что желательно писать также, как в паспорте.
Другое дело, что Е всегда можно исправить на Ё дописав две точки, а обратный процесс труднее. Поэтому можете писать как хотите, а если возникнут трудности, то просто добавите точки.
Правда возникает другой вопрос. Если вы оформите все перечисленные вами документы на Ё, а при обмене паспорта, в новом паспорте вам напишут фамилию через Е. Хотя по идее не должны, так как переписывают со старого паспорта. Не потеряют ли те документы ценность от этой замены?