Начну с различия слов, вынесенных в вопрос. Они относятся, так сказать, к разным языковым системам: одна ориентирована на исконно русские корневые основы, другая - на иноязычные заимствования. С таким же успехом вы могли спросить, чем пресмыкающиеся отличаются от амфибий. Но впредь советую строить предложения на каком-то одном языке, в рамках одной языковой системы. Чем отличаются рептилии от амфибий? Чем отличаются пресмыкающиеся от земноводных?
Есть и еще одна классификация (вернее, была). В ней земноводные амфибии назывались "голыми гадами", а пресмыкающиеся рептилии - "гадами чешуйчатыми". Вот, пожалуйста, и первое различие, видимое так сказать, без препарирования и расчленёнки... Кожа амфибий влажная и гладкая (если даже и в пупырышках), а у рептилий сухая и покрыта чешуей.
Поехали дальше. У Булгакова в "Роковых яйцах" профессор Персиков "режет" на экзаменах студентов: "Как, вы не знаете, чем отличаются голые гады от пресмыкающихся? - спрашивал Персиков. - Это просто смешно, молодой человек. Тазовых почек нет у голых гадов. Они отсутствуют. Тэк-то-с. Стыдитесь. Вы, вероятно, марксист?.."
У амфибий, если присмотреться, много чего нет. Например, шеи. Еще грудной клетки (некоторые тритоны используют остатки рёбер как вооружение, а лягушки вообще о рёбрах не в курсе). Сердце и лёгкие устроены проще (зато они могут дышать кожей!). Ещё они мечут икру и так или иначе привязаны к воде. Ну то есть без воды вообще ни туды и ни сюды.
Рептилии же откладывают яйца и могут с успехом жить в пустыне. Рептилии начали в единственном желудочке сердца наращивать перегородку. Дальше всех в этом продвинулись крокодилы - у них сердце, как и у нас с вами, четырёхкамерное - два предсердия и два желудочка.
Но и те, и другие очень зависимы от температуры окружающей среды, так как сами регулировать температуру тела не могут. Это, наверное, главное общее качество, отделяющее их от нас, теплокровных...