Відбулися й складні процеси у відносинах духовників зі світською владою, яка відтепер зухвало призначала вищих духовних осіб, як правило із числа власних родичів.
Підпорядкування церкви світській владі супроводжувалося фактичним перетворенням вищих духовних осіб на феодальних сеньйорів. Багатство церкви підривало її авторитет, розхитувало основи.
За зміни в церковному устрої виступили монахи абатства Клюні, розміщеного на сході Франції. Клюнійці вели скромний спосіб життя, і їх поважали сучасники. Вони хотіли звільнити церкву від світської влади й запровадити в ній жорстку дисципліну, щоб потім з допомогою оновленої церкви змінити світ. Вплив клюнійців швидко зростав, а клюнійська реформа набирала сили. Великий внесок у її здійснення зробив монах Гільдебранд. Він доклав чимало зусиль, щоб право обирати Папу повністю перейшло до колегії кардиналів (від лат. - головний, основний) - головних осіб в оточенні Пани, разом з якими він керував би всіма справами церкви. Вплив імператора на рішення кардиналів виключався. Позиції церкви помітно посилилися, коли в 1073 р. Гільдебранд став Папою Григорієм VII.
Григорій VII (1015-1085) народився в селянській родині, але зміг отримати блискучу освіту. Природа не обдарувала його привабливою зовнішністю, проте наділила сильним характером, невгамовною енергією і неабияким талантом політика. Ставши Папою, він рішуче відстоював незалежність церкви від світської влади. Григорій VII вважав, що лише Папа є главою церкви і має право не тільки коронувати імператора, а й усувати його з престолу.
Григорій VII стверджував, що всі світські правителі мусять підкорятися папам і складати їм васальну присягу. Коли Григорій VII скасував право світської влади призначати єпископів, імператор Генріх IV оголосив у відповідь, що позбавляє Папу сану. Тоді Папа відлучив Генріха від церкви, а всіх його підданих звільнив від присяги на вірність правителю.
Негайно проти Генріха піднялося повстання, виникла реальна загроза втратити трон. І відбулося неймовірне: Генріх вирушив на поклін до Папи. З великими труднощами йому вдалося подолати зимові Альпи і досягти неприступного італійського замку Каносса, де перебував Григорій VII. Тільки ціною нечуваних принижень Генріх IV вимолив прощення.