В любом заповеднике обязательно есть несколько отделов - отдел охраны, научный отдел, отдел экологического просвещения, общий отдел.
Соответственно, сотрудники любого заповедника занимаются выявлением и пресечением нарушений, натурными хозяйственными работами, профилактикой и тушением пожаров (отдел охраны), экологическим просвещением населения и развитием познавательного туризма (отдел экологического просвещения и, иногда - отдел развития туризма), научными исследованиями и экологическим мониторингом (научный отдел).
Любой заповедник является государственным научно-исследовательским учреждением, ученые в нем проводят исследования по утвержденному плану научно-исследовательских работ. Темы работ могут быть разными, но они обязательно связаны с конкретным заповедником, в котором эти ученые работают, с его уникальными особенностями. Так, научные работы ученых заповедника могут быть связаны с изучением и восстановлением редких видов, восстановлением природных комплексов в отсутствии деятельности человека, инвентаризацией различных групп животных и растений, изучением долговременных изменений климата и т.д. Важно то, что в заповедниках проводятся исследования, многие из которых более не могут быть повторены нигде, так как природа заповедника навсегда изъята из хозяйственного использования и предоставлена самой себе. Ценной информацией, собираемой учеными заповедников, является ведение "Летописи природы" - ежегодного сбора данных по происходящим в заповеднике процессам и явлениям, собираемым по одинаковым методикам и оформляемым каждый год в виде отдельного тома. Если заповедник старый, продолжительность ежегодно собираемых рядов данных может достигать почти сто лет, и ценность их неизмерима.
На основании проведенных исследований научными сотрудниками публикуются статьи, сборники и монографии, защищаются ученые степени, разрабатываются рекомендации для оптимальной работы других отделов заповедника, природоохранных и природопользовательс<wbr />ких организаций региона. Ученые заповедника являются авторитетными участниками региональных экологических советов и комиссий.