В первом случае начальная скорость равна нулю, а во втором случае нет. Во втором случае после того, как тело подбросили вверх, оно, падая вниз, пройдёт мимо точки броска с той же скоростью, с какой бросили вверх (по закону сохранения энергии). Поэтому и в момент удара скорость во 2-м случае будет больше.