Чтобы полностью закончить сюжет этой игры, нужно пройти её три раза. Первый раз мы играем за девушку андроида – 2B, объект обожания фанатов и главная героиня артов по игре.
Второе прохождение показывает тот же самый сюжет, но глазами другого персонажа – её спутника 9S. У него другие способности, слабее атака, есть возможность взламывать механизмы и читать мысли некоторых НПС-роботов – довольно интересная штука с точки зрения сюжета и лора игры, добавляющая несколько забавных, трогательных или грустных дополнительных квестов. Сюжет одновременно является и таким же, и продолжением первого прохождения.
Третье прохождение – это продолжение общей сюжетной линии, раскрывающее все тайны – почему второе прохождение является продолжением первого, хотя события в них одни и те же. В нём к двум главным героям добавляется ещё один персонаж, за которого можно играть – 2А – андроид-убийца, с мощными атаками, но не такой быстрый как 2В.
Пока игрок проходит этот разделённый на три этапа сюжет, возможности сменить персонажа нет – играем кем дают. Однако после финала появится возможность выбрать в меню любую главу сюжета и пройти её любым персонажем из трёх.