Наша кошка тоже очень активно сжирала всю рассаду именно перцев, а не помидор, прямо подчистую, как сбривала бритвой, без возможности хотя бы частичного восстановления.
Вашей кисе, скорее всего, банально не хватает витаминов, купите ей травки, продающейся в зоомагазине, и не допускайте ее к рассаде. Наказывать и ругать совершенно бесполезно, и, на мой взгляд, жестоко - у нее все равно будет непреодолимая тяга к рассаде, и она не будет Вас слушаться.
Также, возможно киса просто балуется - ей нравится безобразничать там, где они видела, что Вы чем-то занимаетесь и возитесь с этой рассадой. Наша Муся, кроме поедания, еще очень любила в том ящике все безбожно разрыть, как трактор, но при этом она там не гадила. Что-то неведомое тянуло ее к ящикам, даже когда вся рассада была ею уничтожена. Она любила там разлечься, после того, как набезобразничает. Возможно неведомые запахи земли, вольной природы так тянут эту запертую в доме вольную хищницу.
Отнеситесь с пониманием и сочувствием к тяге Вашей любимицы к рассаде - она это делает не от скверного характера, а от жизненной необходимости.