Если флешка не извлекается через безопасное извлечение, и вы видите сообщение, что она ещё используется, то причина может быть в следующем:
1) К флешке могут обращаться системные процессы, работающие в фоновом режиме, или антивирусник.
2) Флешка заражена вредоносными программами (вирусами), запускающими ненужные процессы. Можно попробовать проверить её с помощью антивирусника.
3) Я сам иногда сталкивался с ситуацией, когда файл "отпускался" приложением не сразу, а, допустим, через 20-30 секунд (иногда и чуть больше). Например, это было при работе в программе КриптоАРМ. То есть в некоторых случаях можно немного подождать, или, если вы уверены, что все необходимые опереции завершились, просто убить процесс программы в диспетчере задач.
<hr />
Чтобы определить, какие именно процессы используют флешку и не дают её безопасно извлечь, можно использовать специальные утилиты.
Например, Dev Eject - скачать её можно здесь.
Суть работы с Dev Eject очень проста:
1) Нужно выбрать флешку и нажать на кнопку "Locks".
2) Откроется окно, в котором будут перечислены все процессы, работающие с флешкой.
3) Нажимаем на имени процесса правой кнопкой мыши и в меню выбираем "Kill Process".
После закрытия всех процессов снова пробуем извлечь флешку через безопасное извлечение.