NTFS хорош поддержкой больших (более 4 гигабайт) файлов и (в редких случаях) возможностью ограничения прав доступа.
FAT32 не ведёт журналирования (меньше обращений на чтение запись), за счёт чего скорость чтения и записи выше, чем у NTFS. Но размер, хранимого на нём файла, ограничен 4-мя гб.
При создании загрузочных-установо<wbr />чных флешек, стоит учитывать, что 64-разрядные системы (в частности от Microsoft) с накопителя, форматированного под FAT32, будут устанавливаться быстрей.
Так что, как и во многих случаях, выбор зависит от задач. Странно, что в вопросе не учитывается exFAT, который и разрабатывался с расчётом на Флэш-накопители.