Древнейшей формой флейты, является свисток. Постепенно в свистковых трубочках стали прорезать пальцевые отверстия, превращая простой свисток в свистковую флейту, на которой уже можно было исполнять музыкальные произведения. Первые археологические находки флейты датируются 35 — 40 тысяч лет до нашей эры, таким образом флейта является одним из древнейших музыкальных инструментов[1].
Продольная флейта была известна в Египте ещё пять тысяч лет тому назад, и она остаётся основным духовым инструментом на всём Ближнем Востоке. В Европе была широко распространена в XV—XVII вв. Продольная флейта, имеющая 5-6 пальцевых отверстий и способная к октавному передуванию, обеспечивает полный музыкальный звукоряд, отдельные интервалы внутри которого могут меняться, образуя различные лады посредством перекрещивания пальцев, закрытия отверстий наполовину, а также изменения направления и силы дыхания. Ныне изредка применяется при исполнении старинной музыки.
Поперечная флейта с 5-6 пальцевыми отверстиями была известна в Китае по меньшей мере 3 тысячи лет назад, а в Индии и Японии — более двух тысяч лет назад. В Европе в период Средневековья были распространены, в основном, простые инструменты свисткового типа (предшественницы блок-флейты и флажолета), а также поперечная флейта, которая проникла в Центральную Европу с Востока через Балканы, где до сих пор остается самым распространенным народным инструментом.
К концу XVII века поперечная флейта была усовершенствована французскими мастерами, среди которых выделяется Оттетер, которые, в частности, добавили к шести пальцевым отверстиям клапаны для исполнения полного хроматического звукоряда. Обладая более экспрессивным звучанием и высокими техническими возможностями, поперечная флейта вскоре вытеснила продольную (блок-флейту) и к концу XVIII века заняла прочное место в симфоническом оркестре и инструментальных ансамблях.
Савольдо. Юноша с флейтой, ок. 1525
Между 1832 и 1847 Теобальд Бём усовершенствовал инструмент, который с тех пор уже относительно мало изменился. Он ввёл следующие наиболее важные новшества: 1) расположил большие пальцевые отверстия в соответствии с акустическими принципами, а не удобствами исполнения; 2) снабдил инструмент системой клапанов и колец, помогающей с помощью 9 пальцев закрывать 15-17 отверстий или даже больше в зависимости от так называемых опций и системы инструмента (немецкой, являющейся оригинальной системой Бёма, или французской, являющейся гибридом системы Бёма и старофранцузской); 3) использовал цилиндрический канал сечения ствола с конически-параболической головкой вместо имевшего место вплоть до 1847 г. обратноконического, что улучшило интонацию и выровняло звучание в разных регистрах; 4) перешёл на использование металла для изготовления инструмента, что по сравнению с деревянным инструментом усилило блеск звучания. (Ранее чаще всего использовались деревянные флейты, а также, реже, из стекла и слоновой кости. В результате многочисленных экспериментов с разными материалами Бём пришёл к заключению, что наиболее чистому звучанию способствует серебро, поэтому в наши дни оно входит в состав как сплавов для более дешёвых ученических моделей, так и является добавкой к золоту и платине в наиболее дорогостоящих профессиональных моделях.) Но наибольшая заслуга Бёма заключается в том, что благодаря гениальному клапанному механизму стало возможным исполнение на флейте хроматической гаммы и произведений во всех без исключения тональностях.
В современных оркестрах используют обычную большую флейту (её тембр разнообразен, но несколько холодноват, и сила звука мала), малую флейту с резким звуком (октавой выше), реже альтовую флейту в строе Соль (её тембр чуть теплее), крайне редко басовую флейту (октавой ниже).