1) By the time Graham arrived at the train station, the train had already left.( Past Perfect - действие предшествовало - поезд уехал к тому времён как они приехали на железнодорожный вокзал)
2) How long had you been trying to call Tom before he finally answered the phone? действие началось в прошлом, продолжалось в течение некоторого времени до окончания
3) The children had put away their toys before their mum came back home.
Действие завершилось , предшествуя второму действию
4) Alan had a headache because he had been playing computer games all afternoon. действие началось в прошлом, продолжалось в течение некоторого времени до окончания и предшествовало второму действию
5) Simon had been saving money for many years before he bought his own house. На протяжении долгих лет копил деньги, перед тем как стал владельцем дома
6) The football game had just started when it began to rain.Матч уже начался, когда пошёл дождь.