Скорее всего, у проекта сменились инвесторы, что повлекло за собой смену писателей, а возможно и всего художественного коллектива. Люди, начинавшие сериал ушли, а пришедшие им на смену просто зарабатывают бабки, а про то, что было в начальных сериях, даже и не думают. Это довольно частое явление для японского аниме. Иногда проект просто продается или передается в другую студию, или кто-то подбирает брошенный проект. Советую вам почитать тематические форумы, наверняка вы сможет узнать много интересного про закулисье японской анимационной индустрии.
Там вообще происходит много интересного. Например, Fullmetal Alchemist начинала рисовать одна группа, но они быстро догнали авторов манги, и у них закончился материал. Вследствие чего, они начали лепить конкретную отсебятину - тоже ничего, но далеко не то, что задумал автор. Потом, группа энтузиастов, возмущенная отсебятиной, решила исправить это и начала переделывать FMA на инициативных началах. Рисовали энтузиасты не очень, но их заметили и, в конце концов, наняли профессиональную команду и пересняли всю мангу так, как задумывал автор. - Fullmetal Alchemist Brotherhood получился очень неплохо, особенно под конец. Но первый сезон, нарисованный на коленке, вышел очень корявым. - Его перерисовали, оставив старую озвучку. Поэтому существуют две версии первого сезона (первую фиг найдешь). Но так как, первый сезон был очень хорошо проработан первой группой, а вторая группа, не желая повторяться, перерисовала его в укороченном варианте, то считается, что нужно смотреть первые 25 серий FMA, а дальше продолжать с 11 серии FMAB.
Вот-такая-вот-фигня, творится в японской анимации - a вы ещё спрашиваете, откуда нестыковки в сюжете.
