Надо пользоваться менеджером закачек, который сам сортирует файлы по папкам в зависимости от их вида - программы отдельно, музыку отдельно, видео отдельно. У меня IDM (Internet Download Manager), там есть еще возможность добавить описание к файлу и создать новую категорию, любую. Количество категорий (они же папки) не ограничено. Когда начинается закачка, перед тем, как нажать кнопку "Скачать", я просто выбираю категорию, а программа уже все кладет в заранее выбранную папку. Здесь же в специальной строке можно добавить описание, например, "реферат на тему ... с сайта такого-то". Примерно так. А все папки располагаются в папке Downloads по умолчанию, но можно выбрать и другую папку, если захочется.
А без периодической уборки все равно не получится. Дома-то Вы в платяном шкафу прибираетесь, наверное, не сетуете в магазине, как мол, я потом в платьях-то разберусь, какие для чего покупались :)