Сюжет картины основан на библейской легенде.
Более двух тысяч лет назад у персидских жрецов-волхвов было пророчество, что скоро будет пришествие Мессии, который придет на Землю, чтобы преобразовать весь человеческий мир и его пришествие будет ознаменовано появлением на небе яркой звезды (кометы).
Когда на небе на востоке появилась новая яркая звезда, они поняли, что пришел Мессия, родился "царь Иудейский". Волхвы собрали дары для Мессии, сели на верблюдов и отправились в путь, следуя за путеводной звездой, чтобы поклониться новому царю и преподнести ему священные дары.
Следуя за звездой, добрались волхвы до Иерусалима и, думая, что Мессия родился здесь, обратились к правителю Ироду с вопросом, где они могут видеть родившегося царя Иудейского, чтобы поклониться ему и преподнести дары, полагая, что Ирод - его родственник.
Так Ирод узнал о рождении Иисуса Христа и понял, что над его властью и троном нависла угроза, но вида не показал. Он сказал, что здесь новый царь не рождался и, попросив сообщить ему, когда они найдут новорожденного царя, чтобы тоже ему поклониться, вежливо выпроводил волхвов из дворца.
Посмотрев на небо, волхвы вновь увидели путеводную звезду, ярко горевшую даже днем и отправились за ней дальше.
Следуя за звездой, добрались волхвы до Вифлеема и вошли в дом, над которым остановилась звезда.
В доме волхвы увидели Марию с младенцем, поклонились ему и преподнесли дары - золото, ладан и смирну (мирру).
На обратном пути, во время ночевки в пещере, волхвам во сне было откровение, что к царю Ироду со сведениями о Христе возвращаться не стоит и утром они отправились на свою родину другой дорогой.
В Святом Семействе праведному Иосифу тоже было видение. Во сне к нему явился ангел и повелел:
Так Иосиф и сделал. Отправился со своим семейством в Египет, неподвластный Ироду.
Не дождавшись возвращения волхвов, царь Ирод пришел в дикую ярость и издал приказ -
Ирод надеялся, что среди этих детей окажется и будет убит Младенец Христос.
Воины выполнили приказ. Было убито около 14 тыс. маленьких детей.
С какой жестокостью это происходило видно на картине.
Эти невинно убиенные младенцы стали первыми мучениками, погибшими за Христа.
Получив известие о смерти ненавистного царя, семейство не стало возвращаться в Израилевы земли, т.к. там стал царствовать Архемай - сын Ирода, а поселилось в Назарете, где Иисус провел свои детские и юношеские годы.
Картина Питера Пауля Рубенса "Избиение младенцев" посвящена не только событию гибели невинных младенцев, но и рождению, приходу на Землю Иисуса Христа - Мессии, совершившего революционный переворот в человеческом сознании, поэтому и пользуется такой популярностью.