Where did you go after work yesterday? – I went to the cinema.
What is her favourite film?
How does she get to work?
Which subject do you prefer, History or Biology?
Who sits next to you in your class?
How many French books have you got? - I’ve got ten French books.
There is an apple in the fridge.
Вопрос простой и вопрос в составе сложноподчинённого предложения - это разные вопросы. У них разный порядок слов. Сравните:
What is it? что это?
Do you know what it is? Ты знаешь, что это ?
В сложноподчиненном предложении в вопросах прямой порядок слов, то есть сначала подлежащее, а уж потом глагол.
например:
Can you tell me where the bus station is? Вы не подскажете, где автобусная остановка?
Where is the bus station? Где автобусная остановка?
Чувствуете разницу?