Причин тут бывает много, разбираться желательно индивидуально, поскольку причина редко бывает на поверхности.
Это могут быть нормативные возрастные детские страхи (обычно они формируются в 5-6 лет, но у некоторых детей задерживаются, например, страх темноты).
Это может быть следствие воспитания. Например, ребенок до 6 лет спал в постели родителей, а потом выселить его, конечно, будет сложно, и тогда страхи используются как манипуляции родителями.
Это может быть смена обстановки. Например, жили в однокомнатной, у всех на виду, а потом купили квартиру, переехали, дали ребенку отдельную комнату, а он не привык к одиночеству.
Это может быть детская ревность к новому мужу или младшему ребенку, и тогда страх служит причиной для получения материнского внимания.
Это может быть травмирующая ситуация. Например, мама в детстве надолго уезжала, или недавно был развод, и у ребенка есть ощущение, что один из родителей уже его бросил.
Это может быть слабая возбудимая нервная система (такие дети и к заиканию бывают склонны).
Слишком сильное перевозбуждение тоже может дать такую реакцию.
И так далее.
В общем, стоит оценить события и обстановку в семье и квартире, поговорить с ребенком и выявлять причину после сбора информации.